Door plaggen wordt de humuslaag en het bovenste deel van de podzollaag afgegraven. In deze laag huizen vrijwel alle mierensoorten. Alleen gele parasietmieren Chthonolasius zitten in de winter dieper.

Ter plaatste wordt de mierenfauna door plaggen zo goed als uitgeroeid. Jaren na het plaggen als de heide weer volop bloeit en het aanzien heeft van een monocultuur, is deze heide qua bodemfauna nog steeds een woestijn.

Als plaggen beslist noodzakelijk is, is het verstandig dit gefaseerd te doen, zodat herkolonisatie vanuit ongeplagde stukken kan plaatsvinden. Door gefaseerd plaggen ontstaat enige reliëfvorming hetgeen ten goede komt aan een grotere diversiteit.

Bijzonder gevoelig voor plaggen zijn de kalme steekmier Myrmica lobicornis, de deuklipsatermier Formica pressilabris en de heidesteekmier M. sulcinodis. Vooral de laatste twee zijn in Nederland sterk achteruitgegaan ten gevolge van plaggen.

Het moment waarop de oorspronkelijke bodemfauna terugkeert, is het moment waarop de vegetatie in het geplagde deel is hersteld. Als deze is hersteld,  is het tijdstip aangebroken om een volgend stuk te plaggen. Om dit vast te stellen is monitoren noodzakelijk.